Pregunta 1: Quisiera saber como se hizo para eliminar la visualizacion de las vigas en el nivel de la terraza, ya que entre un video y otro ya no estaban, pero como se puede apreciar en la foto, si estan en el nivel inferior (ver foto). 

Para eso, el profesor previamente aplicó la herramienta “Join” que sirve para hacer jerárquico un elemento por sobre el otro. En este caso la losa esta tiene una mayor jerarquía por sobre las vigas

pregunta 2: Se puede editar la conexion personalizada, por ejemplo en la cantidad de pernos ? Gracias

Debes seleccionar la coneccion y editar sus propiedades en la paleta de propiedades