Efectivamente cuando te entrega una versión 2 del modelo ya sea de arquitectura o estructura los cambios de aquellos elemento que fueron monitoreados lanzan una alarma diciendo que hubieron cambios asociados a ellos.
Estos cambios se pueden posponer, aceptar, o ignorar.
Ahora es importante decir que la herramienta monitorear no te obliga a seguir trabajando con el elemento monitoreado. Un ejemplo de esto es lo siguiente
Si estás trabajando un proyecto de Estructura en base a uno de Arquitectura y monitoreas los niveles no trabajaras con estas alturas ya que es muy sabido que los niveles de estructura en algunos casos son más bajos que los del primer proyecto. Entonces, en ese caso no estarías obligado a usar el nivel de ARQ sino que podrás colocar un nivel más bajo pero que se mantenga a una distancia siempre del nivel que está siendo monitoreado.